プラグインCustom Permalinksを使って個別ページのURLを変更すると、
個別ページ（single.php）にて変更後のURLが取得できないバグが発生しました。

その解決策としては、

<?php the_permalink(); ?>

という風にリンク先を取得するのが普通ですが、それを、

<?php echo bloginfo( 'url' )."/".get_post_meta( $post-&gt;ID, 'custom_permalink', true ); ?>

という風にget_post_metaを使ってリンクを取得することで、正常に変更後のリンク取得ができました。

ご参考までに。